文献综述查重与论文整体查重的区别在于，文献综述查重主要是对文献综述部分进行查重，着重检测文献综述中的重复内容和抄袭现象，而论文整体查重则是对整篇论文进行查重，包括文献综述、正文、参考文献等部分。文献综述查重更注重对文献综述部分的查重，而论文整体查重则更全面地检测整篇论文的原创性和重复率。

此外，文献综述查重通常是在撰写学术论文时进行，以确保文献综述部分的学术可信度和原创性，而论文整体查重则是在论文提交前进行，以确保整篇论文的学术诚信和原创性。因此，文献综述查重与论文整体查重在适用场景、重点检测部分和操作时机上存在明显的区别。